【5.6】肿瘤细胞系的百科全书--ccle

CCLE – Cancer cell line encyclopedia

肿瘤细胞系的百科全书

https://portals.broadinstitute.org/ccle

CCLE提供1000多种肿瘤细胞系的mRNA和蛋白水平的表达量、 基因融合以及甲基化水平等信息

二、使用示范

我们输入AKT1基因后的查询结果如下

该基因在各个肿瘤细胞系中的mRNA水平的表达量

如果要看到详细的各个细胞系的数据，需要点击下载按钮

该基因在各个肿瘤细胞系中的蛋白水平的表达量

如果要看到详细的各个细胞系的数据，需要点击下载按钮

三、案例

3.1 分析基因在不同cell line中的表达量以及该cell line是否存在突变

下载数据集

https://amp.pharm.mssm.edu/static/hdfs/harmonizome/data/cclemrna/gene_attribute_matrix_standardized.txt.gz
https://amp.pharm.mssm.edu/static/hdfs/harmonizome/data/biogpsnci60/gene_attribute_matrix_standardized.txt.gz
https://amp.pharm.mssm.edu/static/hdfs/harmonizome/data/cclemut/gene_attribute_edges.txt.gz
https://amp.pharm.mssm.edu/static/hdfs/harmonizome/data/cosmicmut/gene_attribute_edges.txt.gz

参考资料

• 上海宇道生物技术有限公司 《实用肿瘤生物信息学讲座》