LillyMol

一、LillyMol的安装

安装要求：

1. GCC >= 6.2.0 （我安装的9.2.0）
2. zlib >= 1.2.11

（具体安装步骤参见博文gcc,zlib部分）

1.1 下载（c02服务器）

cd /data/software/lillymol
git clone https://github.com/EliLillyCo/LillyMol.git

（不知道是否是网速原因，git clone下载很慢。最后选择了直接下载zip文件，然后解压缩）

1.2 指定zlib路径

cd LillyMol-master/
vim makefile.public.Linux-gcc-6.2.0
#添加
ZLIB = /usr/local/zlib/lib  # zlib的路径

1.3 安装

makeall.sh （如果没有报错，则可跳过1.4）

1.4 分步骤安装

make veryclean
make copy_include
make library

报错1：

/data/software/lillymol/LillyMol-master/include/iwstring.h:15:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory
   15 | #include "zlib.h"

解决办法：

cp /usr/local/zlib/include/zlib.h /usr/include/
cp /usr/local/zlib/include/zconf.h /usr/include/

报错2：

gfortran: Command not found

解决办法：

yum install gcc-gfortran ...   （这个办法不靠谱，安装的gfortran版本过低，导致了下面的报错）

报错2：

gfortran -c -o Linux-gcc-6.2.0/u3b.o u3b.f -O2  -DNDEBUG -DUNIX -mtune=haswell
f951: error: bad value (haswell) for -mtune= switch
make[2]: *** [Linux-gcc-6.2.0/u3b.o] Error 1
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....

解决办法：

重新安装gfortran，通过安装gcc的时候来指定gfortran的安装（具体办法见博文gcc的安装）

接着：

make library #重复报错的那一步

make copy_library
make exe
make copy_exe

1.5 修改环境变量

vim /etc/profile

export LILLYMOL_HOME=/data/software/lillymol/LillyMol-master/
export BUILD_DIR=Linux-gcc-6.2.0

二、用法

略

参考资料

• https://github.com/EliLillyCo/LillyMol