【3.4】cram压缩bam

常用的比对文件sam，通过压缩可以生成二进制文件bam，这个时候文件大小变为了之前的~50-80%，但是bam文件可不可以继续压缩呢？这里将看到bam的压缩文件cram

更多阅读

• http://www.uppmax.uu.se/support/user-guides/using-cram-to-compress-bam-files/
• http://www.ebi.ac.uk/ena/software/cram-usage
• http://www.internationalgenome.org/faq/what-are-cram-files/
• https://www.biostars.org/p/106047/

一、简介

cram项目由EBI主导，目的就是为了减少比对后文件的大小，

支持软件：picard

压缩效果：

二、讨论

2.1 cram to bam

samtools view -b  -T <refgenome.fa> -o <file.bam> <file.cram>