【3.1】利用minion_qc绘制质控图

前面我们提到过利用guppy进行碱基识别后生成一个sequencing_summary.txt文件，这个文件是列表格式的统计结果，R语言最喜欢列表格式了，直接使用R可以对这个列表进行统计绘图。其实如果使用官方的MinKNOW软件自带这些绘图功能，如果是自己进行的碱基识别，可以使用minion_qc来进行统计绘图，非常的容易，其实后面我们介绍的NanoPlot也可以使用这个文件绘图。

一、软件安装

软件官网：https://github.com/roblanf/minion_qc

这个工具其实就是一个R脚本，在R语言环境下直接运行就行。安装和使用都非常容易。

#下载软件

wget https://raw.githubusercontent.com/roblanf/minion_qc/master/MinIONQC.R -O MinIONQC.R

下载完成之后应该还不能直接运行，如果你的系统环境里缺少这些R包，还需要将一下这些包安装一下。

install.packages(c("data.table", 
                   "futile.logger",
                   "ggplot2",
                   "optparse",
                   "plyr",
                   "readr",
                   "reshape2",
                   "scales",
                   "viridis",
                   "yaml"))

二、软件使用

软件的使用非常容易，输入文件就为guppy生成的sequencing_summary.txt。

Rscript MinIONQC.R -i sequencing_summary.txt -o output -p 2 

软件运行的还比较快，因为没有太大的计算量，最终结果会在output中，包括如下内容：

channel_summary.png
flowcell_overview.png
gb_per_channel_overview.png
length_by_hour.png
length_histogram.png
length_vs_q.png
q_by_hour.png
q_histogram.png
reads_per_hour.png
summary.yaml
yield_by_length.png
yield_over_time.png

2.2 结果解析

结果并不难理解，主要是一些图，根据图的名字就能大概能知道每个图的意思，我们通过这些图来看一下测序情况。这里面比较重要的就是看一下长度分布，质量值分布等。下面拿几个具体图展示一下。

图1 read长度分布

图2 reads平均质量值分布，目前Q7 作为也临界标准，大约Q7的越多越好

图3 reads长度与质量二图散点图

图片图4 每个纳米孔产数据情况统计，颜色越亮，产数据越多

参考资料

• https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MjA1MDQxMg==&mid=2649709886&idx=1&sn=399643d0c163365a54a515fb1217523c&chksm=f24afa3dc53d732b7b98bd8a3686529f3f42a1843f1854eb6bad58d00a1c779f62b7b384db80&scene=21%23wechat_redirect