CallVariant
总篇数：34
- 2022/10/29 【1.1.1】近交系小鼠的GATK流程数据准备（基因组和dbsnp）
- 2022/10/16 【2.1.1】Somatic与Germline 变异检测
- 2022/12/04 【2.2】Illumina Variant Calling Pipeline
- 2017/03/24 【2.2】GATK
- 2017/02/13 【2.1.2】reads mapping and variants calling
- 2017/06/26 【2.3】NGS质控常用的几个参数
- 2022/10/14 【2.3.1】CNVkit
- 2022/10/15 【2.3.2】Control-FREEC检测拷贝数变异
- 2022/10/30 【2.3.3】肿瘤等位基因特异性拷贝数分析(ASCAT)
- 2022/10/25 【2.3.4】检测拷贝数变异的工具及算法-PCAWG consensus copy number
- 2022/10/26 【2.3.5】推断结构变异(SV)断点的癌细胞分数(ccf)
- 2022/11/19 【2.3.6】Sequenza从WES推断出拷贝数概况
- 2022/11/20 【2.3.7】使用 Manta 检测结构变异
- 2022/11/18 【2.5.1】GATK-HaplotypeCaller
- 2022/10/22 【2.6.1】使用Strelka进行体细胞突变分析
- 2022/11/21 【2.6.2】VarScan肿瘤体细胞突变检测
- 2022/11/22 【2.6.3】使用GATK4 Mutect2 检测体细胞突变
- 2022/12/18 【2.7.1】Variant Filtering
- 2022/12/16 【2.7.1】新冠病毒call variant流程
- 2022/12/02 【2.7.1】ivar
- 2017/04/08 【3.1】VCFtools
- 2016/01/04 【3.2】samtools 和 bcftools call snp
- 2022/10/08 【3.3】bam-readcount
- 2022/10/09 【3.4.1】bgzip与tabix解决内存不足问题
- 2022/09/14 【4.1】Ensembl Variation 突变类型
- 2017/06/28 【4.1】ACMG检验标准以及InterVar自动化实现
- 2022/09/13 【4.1.4】基因突变的功能注释--VEP
- 2022/12/13 【4.1.5】snpEff对基因型VCF文件进行变异注释
- 2022/10/20 【4.3.1】HLA分型工具--HLA-HD
- 2022/10/11 【4.3.1】HLA分型工具--OptiType
- 2017/02/20 【5.1】bamsurgeon--模拟突变的bam文件
- 2022/11/27 【8.5.1.1】MuPeXI
- 2022/08/19 【8.5.1.2】nextNEOpi--新抗原的预测
- 2022/10/18 【8.5.1.3】pvac--新抗原的预测